Megbízatását átmenetileg Keith Kellogg, a Nemzetbiztonsági Tanács kabinetfőnöke veszi át. Michael Flynn még hivatalba lépése előtt találkozott a washingtoni orosz nagykövettel. Ennek a találkozónak a tartalma kavart botrányt. A személyét ért támadások hatására a nyilvánosság előtt Flynn először azt közölte, hogy még az elnöki beiktatás előtt valóban találkozott a Washingtonban akkreditált orosz nagykövettel, de ez rutinbeszélgetés volt, és nem esett szó az Oroszország elleni szankciók enyhítéséről. Pár nappal ezelőtt már úgy fogalmazott: talán megvitatták a szankciók ügyét is, már nem emlékszik rá pontosan. A nemzetbiztonsági tanácsadó – amerikai sajtóhírek szerint – személyesen is elnézést kért Pence alelnöktől a pontatlanságért. Hétfő este több médium is arról számolt be, hogy az amerikai igazságügyi minisztérium már a múlt hónapban arra figyelmeztette Donald Trumpot, hogy Michael Flynn félrevezeti őt a washingtoni orosz nagykövettel folytatott beszélgetései tartalmát illetően, és Flynn potenciálisan sebezhető, az orosz politika bármikor megzsarolhatja őt. A The Washington Post hétfő este Sally Yatest, az igazságügyi minisztérium menesztett ügyvivő tárcavezetőjét idézte, aki azt állította: januárban ő maga tájékoztatta a Fehér Házat arról, hogy álláspontja szerint Michael Flynn félrevezette az elnököt az orosz nagykövettel folytatott beszélgetései tartalmáról. Yates azonban nem közölte, hogyan tett szert erre az információra. Sally Yates Jeff Sessions igazságügyi miniszter kinevezéséig átmeneti ideig irányította a tárcát, de Trump elnök azonnali hatállyal felmentette, amikor kiderült, hogy a beutazást szigorító elnöki rendelet ellen lépett fel és erre biztatta a minisztérium munkatársait is. Közben nyilvánosságra került az is, hogy a Szövetségi Nyomozó Iroda figyelemmel kísérte Flynn telefonbeszélgetéseit és munkáját a Nemzetbiztonsági Tanácsban, és az igazságügyi minisztérium birtokában lehetett ezeknek az információknak. Emellett a hadsereg is vizsgálatot indított, hogy vajon Flynn kapott-e pénzt az orosz kormánytól még korábban, egy 2015-ben Moszkvában tett látogatása alkalmával. Donald Trump nem szólalt meg a vitában, a Justin Trudeau kanadai kormányfővel tartott hétfői, közös sajtókonferenciáján újságírói kérdésre válaszolva sem kommentálta a történéseket, de nem is nyilvánította ki változatlan bizalmát Flynn iránt. Sean Spicer, a Fehér Ház szóvivője délutáni közleményében még azt jelentette be: az elnök felméri a helyzetet, tanácskozik Pence alelnökkel és másokkal is ebben a nemzetbiztonságunkat érintő nagyon fontos ügyben. Spicer közleményének megjelenése előtt egy órával azonban Kellyanne Conway, Trump elnök egyik tanácsadója az MSNBC televízióban azt nyilatkozta, hogy a nemzetbiztonsági tanácsadó változatlanul élvezi az elnök bizalmát. A demokraták szenátusi csoportjának vezetője, Chuck Schumer azt mondta újságíróknak: független vizsgálatot akar az ügyben.