A NAIH 2017.10.13.-án kelthatározatában megállapította , hogy az egyház és a központi szervezet jogellenes adatkezelési tevékenységet folytat, mert megszegték az előzetes tájékoztatási kötelezettségüket, a célhoz kötött adatkezelés elvét, a tisztességes adatkezelés elvét, az adatbiztonság követelményeit és jogalap nélküli adatkezelést végeztek. A NAIH határozatában a további jogellenes adatkezelést megtiltotta, illetve az Egyházat és a Központi Szervezetet egyaránt a maximális húszmillió forint, összesen negyvenmillió forint adatvédelmi bírság megfizetésére kötelezte. Az Egyház és a Központi Szervezet a határozattal szemben keresettel éltek, melyben kérték annak hatályon kívül helyezését. A Bíróság 2019. március 22-én kelt ítéletében a felperesek kereseti kérelmét sem a NAIH határozatának megállapításai, sem a kiszabott bírság összegszerűsége tekintetében nem tartotta megalapozottnak, ezért azt elutasította. A hatóságok 2017 októberében tartottak házkutatást a Szcientológia Egyház budapesti központjában, olyan eszközt is találtak akkor, illetve kiderült, hogy többek között korábbi szexuális partnereiket kellett megnevezniük a tagoknak a kikérdezések során. A Szcientológia Egyház nem ért egyet a Fővárosi törvényszék ítéletéve a Nemzeti Adatvédelmi és Információszabadság Hatósággal szemben indított perében hozott, és természetesen jogorvoslatért fordul a felsőbb bíróságokhoz. Az ügy összetettségére való tekintettel egy magyar és európai szakértő jogászokból álló csapat dolgozott ezen az ügyön. Több száz oldalnyi jogi érvelést és bizonyítékot adtunk be, amelyek bemutatták a NAIH részéről történt eljárási hibákat és jogsértéseket. Ezek között például azt a tényt, hogy más európai országokban – például Svédországban – az Egyház a magyarországival megegyező adatvédelmi gyakorlatát a hatóságok már vizsgálták, és rendben találták. Természetesen felülvizsgálatért folyamodunk az ítélettel szemben. - mondta Dr. Bánáti János az Egyház egyik jogi képviselője. Miklovicz Attila, az Egyház szóvivője hozzátette: Természetesen csalódottak vagyunk, de nem adjuk fel a harcot a jogainkért. Dokumentumokkal alaposan alátámasztottan bemutattuk, hogy a NAIH megpróbál beavatkozni magyar állampolgárok vallásgyakorlásába ugyanúgy, mintha egy katolikusnak azt mondaná, hogy nem térdelhet le a szertartás közben. Az egész eljárás alatt a NAIH egyetlen olyan embert sem tudott bemutatni, aki tényleges hátrányt szenvedett volna az Egyházunk adatkezelése miatt. Ezzel szemben ezrével vannak olyanok, akik jobb életet tudtak teremteni a Szcientológia segítségével, amit a NAIH most megpróbál elpusztítani.